1990-е годы, бывшие США. Неожиданно для всех по Земле пронесся ветер, который стер всю память людей. Люди забыли все, вплоть до языка. Цивилизация исчезла, остались лишь руины городов и машин и люди, вернувшиеся в первобытное состояние. Два года спустя после дуновения ветра 16-летний юноша спасает прикованного к инвалидному креслу инвалида по имени Джонни.

Джонни - продукт военных экспериментов, его мозг был многократно усилен с помощью компьютерного банка данных. Поэтому сознание Джонни не было затронуто амнезией. Джонни возвращает своему спасителю часть его памяти и души. Он также дает ему имя Ватару, что значит «Странник». И теперь, после смерти Джонни, Ватару путешествует по бывшей Америке, чтобы узнать, что стало с человечеством, и почему подул ветер по имени Амнезия...

Далёкое будущее. После изобретения варп-навигации в течение нескольких веков человечество расселилось по космосу. В результате образовались многочисленные планетарные нации. Во время экспансии люди встретили представителей других цивилизаций, таких как Сава и Сэгуру. После множества циклов войны и мира множество наций подписали Договор о Межзвёздном Альянсе. И, наконец, установился долгожданный мир.

120 лет назад от показываемых событий была основана Космическая Академия - предвестник новой эры. Это элитное учреждение аккумулирует лучшие научные достижения и предназначено для воспитания лидеров будущего. Выпускники академии занимают высшие руководящие посты в обществе. Множество кандидатов с Терры, Савы, Сэгуру и других планет пытаются поступить в академию. Вступительные экзамены в которую проходят раз в 3 года.

Последнее испытание кандидаты проходят группами по 10 человек. Но когда группа Тады прибывает на место проведения заключительного экзамена, они с ужасом обнаружат, что их 11! Кто этот 11 кандидат? Каковы его цели? Сможет ли группа сдать экзамен в этой атмосфере всеобщей подозрительности и недоверия? Ответы на эти вопросы откроет это аниме.

У дальней границы школьной территории стоит обветшалое здание, которое готовится под снос. Разбирая старые вещи, школьник Такахиро Хонда и его друзья встречают призрака, который рассказывает им тайну этого места.

Конан Эдогава и его команда приглашены на вечеринку, которая состоится на вилле инспектора Ниндзабуро Сиратори. Изюминкой вечера должна стать знаменитая коллекция вин инспектора, и особенно его самый дорогой винтаж, который будет подан гостям. Однако в кульминационный момент Сиратори обнаруживает на полу разбитую бутылку, а виновник определённо находится среди приглашённых.

Юная Юй Кимура только что пережила чудовищное потрясение – потеряла семью. Справиться со стрессом ей помогает врач-психотерапевт, молодая, обаятельная и участливая Дзинко Кандзаки. Однажды в изнуряюще жаркий день Кимуре нездоровится, и она засыпает прямо во время сеанса… А проснувшись, обнаруживает Кандзаки-сэнсэй мертвой, в луже крови.

Пока Когоро играет в маджонг, Ран рассказывает Конану историю из детства.

Иллия с подругами приезжает отдохнуть на горячие источники, где замечает, что её мана расходуется больше, чем обычно.

Профессор Агаса похищен. Конан Эдогава и его друзья начинают собственное расследование.

К Синъити Кудо обращается мужчина, которого обвиняют в убийстве своей бабушки. Но обвиняемый утверждает, что в момент убийства находился в парке, в котором постоянно бывает и Синъити, и тот должен был его запомнить.

На вечеринку по случаю дня рождения известного политика, где также присутствуют инспектор Дзэнигата и Люпен III, врываются вооруженные убийцы в масках и начинают стрельбу. Дзэнигата пытается догнать и арестовать Люпена III, и это ему почти удаётся, но внезапно из окна появляется рука с пистолетом, и инспектор получает пулю в грудь. Узнав в оружии свой пистолет Walther P38, Люпен III начинает расследование, нити которого приведут его на остров наёмных убийц.

По всеми миру произошло несколько крупных краж бриллиантов. Изучив механического паука, найденного на месте преступления, Паталлиро и Джек Барбаросса Банкоран отправляются в Японию для расследования этого дела. Вскоре им предстоит столкнуться с могущественной криминальной организацией.

Люпен со своей командой отправляется в Королевство Дорренте, чтобы спасти от смертной казни легендарного вора.

Путешествуя по миру, Эрнест Хемингуэй на одном из безлюдных островов обнаружил несметные богатства. Вернувшись из плавания, он написал рассказ об этом путешествии, где подробно описал место обнаружения сокровищ. Эти записи были заперты в золотом сундучке, отпереть который мог только специальный ключик.

Услышав эту историю, знаменитый аферист Арсен Люпен Третий отправляется на остров, на котором этот сундучок видели в последний раз. Да только не так всё просто, ведь на том острове идёт война двух группировок за право обладать достоянием Хемингуэя.

Королевство Дова, поделённое на 13 районов, в этом году празднует 99-ый день рождения своего короля. Все районы контролируются множеством небольших агентств, которые в свою очередь курирует крупнейшая организация «АККА». Чтобы контролировать всё королевство, «АККА» необходимо обрабатывать огромный поток информации. Её сбором занимаются агенты специально созданной инспекции. Жан Отис служит помощником главы этой инспекции и работает в штабе столицы. Порой Жану приходится покинуть тихую и безопасную штаб-квартиру, чтобы лично проверить работу инспекторов и ситуацию в районах.

9 отдел общественной безопасности оказывается втянут в запутанный политический заговор, в котором нашлось место как закулисным играм, так и героям, самоотверженно отдающимся фальшивым идеалам их создателей.

Женщина нанимает частного детектива Горо Нанасэ для поисков её пропавшего мужа. Вместе с полицейским, у которого есть своя причина найти пропавшего, Горо берётся за дело, которое каким-то образом связано с недавним убийством девушки на утёсе.

Прошло 6 месяцев. Акира пропал, оставив напоследок только прощальное сообщение для Саки, что будет её ждать «там где всё началось». Собрав вещи, Саки отправляется в Нью-Йорк на встречу новым приключениям. Так начинается новая глава захватывающей истории, где наши друзья вновь сразятся с оставшимся Селесао ради спасения Японии.

Ран становится свидетелем убийства детектива Сато. От шока она теряет память. Детектив Конан должен помочь ей восстановить память и найти убийцу.

Принцесса Мира осталась сиротой после убийства ее мамы и брата. Ей предстоит возглавить страну, но доживет ли она до этого дня? В Японии она сталкивается с Ран, девушкой очень похожей на нее и обманом меняется с ней... А тем временем, Люпен Третий строит очередной грандиозный план похищения сокровища - королевской короны.

На военном судне «Эгида», являющемся прототипом реального корабля Министерства обороны Японии, обнаружен труп представителя сил самообороны. Есть предположение, что на корабль проник шпион. Конан берется за расследование.