На Солнечную систему напали гигантские существа – Гауна, которые могут проживать в открытом космосе и с легкостью перелетают с одной на другую планету, что бы полакомиться. Люди не могли противостоять против них, поэтому убегали из систем на огромных кораблях. Во время побега на астероиде Сидония была разведывательная экспедиция людей. Но они не смогли убежать, и им пришлось жить на этом астероиде. Со временем с этого корабля они сделали хорошее сооруженное космическое судно по названием «Сидония».
Ведь они знали. Что Гауны все еще живы и возможно они встретятся с ними. Именно это судно вскоре должно будет спаси остатки человечества от монстров, которые уничтожили Солнечную систему. По обстоятельствам главный герой, Нагатэ Таникадзе, который всю свою жизнь прожил в корабле, попадет в место населенное людьми. Капитан этого судна предлагает стать ему пилотом. На что Нагатэ соглашается. И в этот момент к ним прилетает ужасное существо – Гауна. И начинается «последняя битва» за будущее, в котором участвуют Цумуги и Таникадзе.
